Der Ursprung allen Lebens ist das Wasser und so verwundert es nicht, dass zahlreiche unserer Arten das Grundwasser und damit auch die Höhlengewässer besiedeln. Einer dieser Bewohner ist der Höhlenflohkrebs Niphargus. Dabei handelt es sich um eine Krebsgattung, die eine Vielzahl von Arten beinhaltet. Hierzu gibt es einen Bestimmungsschlüssel aus dem Jahre 1942, der aber viele Fragen offen lässt. Überarbeitete Versionen auf Grundlage dieser Bestimmungshilfe listen derzeit 15 verschiedene Arten für Deutschland auf. Die häufigsten sind Niphargus aquilex, Niphargus schellenbergi und Niphargus puteanus. Bis heute ist es nicht gelungen die vielen Varianten des Höhlenflohkrebses eindeutig morphologisch oder genetisch zu trennen. Gerade diese Tatsache führte dazu, dass der Höhlenflohkrebs zum „Höhlentier 2009“ gewählt wurde. Der Verband der deutschen Höhlen- und Karstforscher e.V. will damit darauf hinweisen, dass gerade bei der Erforschung der unterirdischen Ökosysteme und der darin vorkommenden Arten noch ein enormer Handlungsbedarf besteht.
Alle Höhlenflohkrebse der Gattung Niphargus sind echte Grundwasserbewohner und leben ausschließlich im Süßwasser, wobei auch leichte Salzgehalte ertragen werden. Man findet sie im Schotter der Flusstäler, in Höhlen, Bergwerken, Brunnen und Quellen, wo sie manchmal zur Nahrungsaufnahme an die Erdoberfläche kommen. Es sind auch dauerhafte Vorkommen aus der Tiefe von Alpenseen bekannt. Über das Grundwasser gelangen sie in die Wasserversorgung, wo sie durch Filteranlagen abgefangen werden. Höhlenflohkrebse bevorzugen gleichmäßige, niedrige Temperaturen, kommen aber auch mit plötzlichen Temperaturschwankungen zurecht. Die Nahrung der Krebse besteht sowohl aus pflanzlichem Detritus als auch aus kleineren tierischen Grundwasserbewohnern. Die Größe der Höhlenflohkrebse schwankt je nach Art zwischen wenigen Millimetern und drei Zentimetern. Damit sind sie die größten Bewohner des mitteleuropäischen Grundwassers.
Höhlenflohkrebse der Gattung Niphargus sind in Mittel-, West- und Südeuropa verbreitet, fehlen aber auf der Iberischen Halbinsel. In Nordeuropa konnten die Tiere nur dort überleben, wo die eiszeitliche Vergletscherung nicht hinreichte.